Sự phân mảnh sinh cảnh do các dự án phát triển và nông nghiệp là một mối đe dọa nghiêm trọng. Từ năm 1988 đến 2012, một khu vực rộng khoảng 13.500 km2 (5.200 dặm vuông) đã bị mất ở bán đảo Mã Lai. Gần 64.800 km2 (25.000 dặm vuông) đã được chuyển đổi sang các đồn điền công nghiệp quy mô lớn, chủ yếu để sản xuất dầu cọ. Chỉ còn khoảng 8.300 km2 (3.200 dặm vuông) tạo thành môi trường sống chủ yếu dành cho hổ[7].

Săn trộm thương mại xảy ra ở các cấp độ khác nhau trong tất cả các tiểu bang phạm vi hổ. Ở Malaysia có một thị trường nội địa đáng kể trong những năm gần đây cho thịt hổ và thuốc sản xuất từ xương hổ[8].

Từ năm 2001 đến 2012, các bộ phận cơ thể của ít nhất 100 con hổ đã bị tịch thu ở Malaysia. Năm 2008, cảnh sát tìm thấy 19 con hổ con đông lạnh trong một sở thú. Năm 2012, da và xương của 22 con hổ đã bị thu giữ[9].

Nhu cầu về các bộ phận cơ thể hổ được sử dụng trong y học cổ truyền Trung Quốc rõ ràng cũng thu hút những kẻ săn trộm từ Việt Nam, Thái Lan và Campuchia. Từ năm 2014 đến 2019, các đơn vị chống săn trộm đã loại bỏ khoảng 1.400 bẫy từ các khu vực được bảo vệ[10][11][12].

Vào năm 2020, giữa đại dịch COVID-19, một con hổ Mã Lai trong Sở thú Bronx đã xét nghiệm dương tính với virus này[13].